Η προαγωγή της παιδείας αποτελεί μία από τις στρατηγικές προτεραιότητες του Ιδρύματος Μποδοσάκη και το Πρόγραμμα Υποτροφιών είναι ένα από τα παλαιότερα προγράμματα του Ιδρύματος. Από την ίδρυσή του ως σήμερα, το Ίδρυμα έχει χορηγήσει περισσότερες από 2500 υποτροφίες, για να βοηθήσει άριστους φοιτητές, τελειόφοιτους ή πτυχιούχους, να πραγματοποιήσουν μεταπτυχιακές  διδακτορικές και μεταδιδακτορικές σπουδές στην Ελλάδα ή στο εξωτερικό, στον επιστημονικό κλάδο της επιλογής τους.

Κάθε έτος, υλοποιούνται δυο προγράμματα υποτροφιών:

Το τακτικό Πρόγραμμα Υποτροφιών (για μεταπτυχιακές και διδακτορικές σπουδές)
Το Πρόγραμμα Μεταδιδακτορικών Υποτροφιών στη μνήμη «Σταμάτη Γ. Μαντζαβίνου»

Τα προγράμματα των υποτροφιών σχεδιάζονται, υλοποιούνται και ελέγχονται από το Ίδρυμα Μποδοσάκη σε όλο τους το εύρος. Η επιλογή των υποτρόφων πραγματοποιείται σύμφωνα με τα κριτήρια του Ιδρύματος Μποδοσάκη και ακολουθώντας τις βασικές αρχές λειτουργίας του Ιδρύματος: τη διαφάνεια, τη λογοδοσία και την αξιοπιστία.

Οι προϋποθέσεις για τη λήψη υποτροφιών ορίζονται από τις ετήσιες προκηρύξεις. Η Επιτροπή Υποτροφιών και η Επιστημονική Επιτροπή είναι δυο εξειδικευμένα όργανα του Ιδρύματος, αρμόδια για την κατάρτιση και την ανακοίνωση των προκηρύξεων, την επιλογή των επικρατέστερων μεταξύ των υποψηφίων και την εισήγηση προς το Δ.Σ. του Ιδρύματος, το οποίο λαμβάνει τις τελικές αποφάσεις ως προς τους υποτρόφους.