H Επιστημονική Επιτροπή του Ιδρύματος συνιστά 9μελές συμβουλευτικό όργανο του Ιδρύματος, το οποίο απαρτίζουν προσωπικότητες που προέρχονται από τον χώρο της επιστήμης καθώς και εκπρόσωπος του Ιδρύματος.

Η Επιστημονική Επιτροπή έχει κεντρικό ρόλο στη λειτουργία του θεσμού των Επιστημονικών Βραβείων Ιδρύματος Μποδοσάκη. Εισηγείται στο Δ.Σ. τους επιστημονικούς  κλάδους στους οποίους απονέμονται τα Βραβεία και υποβάλλει τις προτάσεις της για την επιλογή και ανακήρυξη των υποψηφίων.

Η Επιστημονική Επιτροπή του Ιδρύματος συγκροτείται από τους εξής:

  • Γιάννη Αϋφαντή, Καθηγητή στην Ιατρική Σχολή,  του Πανεπιστημίου της Νέας Υόρκης
  • Θεοδώρα Βαρβαρίγου, Καθηγήτρια στο Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών & Μηχανικών Υπολογιστών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου
  • Νίκο Βέττα, Καθηγητή στο Τμήμα Οικονομικής Επιστήμης του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών, Γενικό Διευθυντή στο Ίδρυμα Οικονομικών & Βιομηχανικών Ερευνών
  • Γεώργιο Κόλλια, Ακαδημαϊκό, Καθηγητή/Διευθυντή Εργαστηρίου Φυσιολογίας, Ιατρικής Σχολής Πανεπιστημίου Αθηνών και Συνεργαζόμενο Ερευνητή, Ερευνητικό Κέντρο Βιοϊατρικών Επιστημών «Αλέξανδρος Φλέμιγκ»
  • Νάνσυ Μακρή, Καθηγήτρια Χημείας και Φυσικής στο Πανεπιστήμιο Illinois at Urbana-Champaign
  • Κώστα Μεγήρ, Καθηγητή στο Τμήμα Οικονομικής Επιστήμης του Πανεπιστημίου Yale
  • Μιχάλη Τριανταφύλλου, Καθηγητή Θαλάσσιας Επιστήμης και Τεχνολογίας του MIT, και Διευθυντή του Προγράμματος Θαλασσίων Ερευνών MIT Sea Grant,  Επισκέπτη Ερευνητή στο Woods Hole Oceanographic Institution των ΗΠΑ.
  • Αθανάσιο Φωκά, Καθηγητή στο Τμήμα Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Θεωρητικής Φυσικής του Πανεπιστημίου Cambridge

Στην Επιτροπή Επιστημονικών Βραβείων συμμετέχει εκ μέρους του Ιδρύματος η Αθηνά Δεσύπρη, Πρόεδρος Δ.Σ. Ιδρύματος Μποδοσάκη, αναπληρούμενη από τον Θεόδωρο Θεοδώρου, Αντιπρόεδρο Ιδρύματος Μποδοσάκη, Καθηγητή στη Σχολή Χημικών Μηχανικών του  Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου.