H Επιστημονική Επιτροπή του Ιδρύματος συνιστά 8μελές συμβουλευτικό όργανο του Ιδρύματος, το οποίο απαρτίζουν προσωπικότητες που προέρχονται από τον χώρο της επιστήμης. Όλα τα μέλη έχουν τριετή θητεία.

Η Επιστημονική Επιτροπή έχει κεντρικό ρόλο στη λειτουργία του θεσμού των Επιστημονικών Βραβείων Ιδρύματος Μποδοσάκη. Εισηγείται στο Δ.Σ. τους επιστημονικούς  κλάδους στους οποίους απονέμονται τα Βραβεία και υποβάλλει τις προτάσεις της για την επιλογή και ανακήρυξη των υποψηφίων.

Η Επιστημονική Επιτροπή του Ιδρύματος συγκροτείται από τους εξής:

  • Γιάννη Αϋφαντή, Καθηγητή στην Ιατρική Σχολή,  του Πανεπιστημίου της Νέας Υόρκης
  • Θεοδώρα Βαρβαρίγου, Καθηγήτρια στο Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών & Μηχανικών Υπολογιστών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου
  • Νίκο Βέττα, Καθηγητή στο Τμήμα Οικονομικής Επιστήμης του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών, Γενικό Διευθυντή στο Ίδρυμα Οικονομικών & Βιομηχανικών Ερευνών
  • Γεώργιο Κόλλια, Καθηγητή Φυσιολογίας Ιατρικής Σχολής Πανεπιστημίου Αθηνών και Διευθυντή του Τομέα Ανοσολογίας στο Ερευνητικό Κέντρο Βιοϊατρικών Επιστημών «Αλέξανδρος Φλέμινγκ»
  • Κώστα Μεγήρ, Καθηγητή στο Τμήμα Οικονομικής Επιστήμης του Πανεπιστημίου Yale
  • Λεωνίδα Ρεσβάνη, Ομότιμο Καθηγητή της Φυσικής του Πανεπιστημίου Αθηνών
  • Μιχάλη Τριανταφύλλου, Καθηγητή Marine Technology του MIT, Επισκέπτη Ερευνητή στο Woods Hole Oceanographic Institution των ΗΠΑ, Διευθυντή του Center for Ocean Engineering και Διευθυντή του Testing Tank Facility και του Propeller Tunnel του MIT
  • Αθανάσιο Φωκά, Καθηγητή στο Τμήμα Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Θεωρητικής Φυσικής του Πανεπιστημίου Cambridge