H Επιστημονική Επιτροπή του Ιδρύματος συνιστά 9μελές συμβουλευτικό όργανο του Ιδρύματος, το οποίο απαρτίζουν προσωπικότητες που προέρχονται από τον χώρο της επιστήμης καθώς και εκπρόσωπος του Ιδρύματος.
Η Επιστημονική Επιτροπή έχει κεντρικό ρόλο στη λειτουργία του θεσμού των Επιστημονικών Βραβείων Ιδρύματος Μποδοσάκη. Εισηγείται στο Δ.Σ. τους επιστημονικούς κλάδους στους οποίους απονέμονται τα Βραβεία και υποβάλλει τις προτάσεις της για την επιλογή και ανακήρυξη των υποψηφίων.
Η Επιστημονική Επιτροπή του Ιδρύματος συγκροτείται από τους εξής:
- Γιάννη Αϋφαντή, Πρόεδρο και Καθηγητή του Τμήματος Παθολογίας στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου της Νέας Υόρκης
- Θεοδώρα Βαρβαρίγου, Καθηγήτρια στο Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών & Μηχανικών Υπολογιστών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου
- Νίκο Βέττα, Καθηγητή στο Τμήμα Οικονομικής Επιστήμης του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών, Γενικό Διευθυντή στο Ίδρυμα Οικονομικών & Βιομηχανικών Ερευνών (ΙΟΒΕ)
- Γεώργιο Κόλλια, Καθηγητή Πειραματικής Φυσιολογίας στην Ιατρική Σχολή του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών και Πρόεδρο και Επιστημονικό Διευθυντή του Ερευνητικού Κέντρου Βιοϊατρικών Επιστημών «Αλέξανδρος Φλέμιγκ», Μέλος της Ακαδημίας Αθηνών, Μέλος του Ευρωπαϊκού Οργανισμού Μοριακής Βιολογίας (ΕΜΒΟ), βραβευθείς με Επιστημονικό Βραβείο Ιδρύματος Μποδοσάκη το 1993, Μέλος Δ.Σ. Ιδρύματος Μποδοσάκη
- Νάνσυ Μακρή, Καθηγήτρια Χημείας και Φυσικής στο Πανεπιστήμιο Illinois Urbana-Champaign, Μέλος των National Academy of Sciences, American Academy of Arts and Sciences και International Academy of Quantum Molecular Science, βραβευθείσα με Επιστημονικό Βραβείο Ιδρύματος Μποδοσάκη το 1999
- Κώστα Μεγήρ, Καθηγητή στο Τμήμα Οικονομικής Επιστήμης του Πανεπιστημίου Yale, Μέλος των American Academy of Arts and Sciences, Econometric Society, British Academy και Society for Labor Economics, βραβευθείς με Επιστημονικό Βραβείο Ιδρύματος Μποδοσάκη το 1996, Μέλος Δ.Σ. Ιδρύματος Μποδοσάκη
- Μιχάλη Τριανταφύλλου, Καθηγητή Θαλάσσιας Επιστήμης και Τεχνολογίας στο Τμήμα Μηχανολόγων Μηχανικών του MIT, Επισκέπτη Ερευνητή στο Woods Hole Oceanographic Institution των ΗΠΑ, Διευθυντή του Center for Ocean Engineering και Διευθυντή του Testing Tank Facility και του Propeller Tunnel του MIT, Μέλος των American Physical Society, Society of Naval Architects and Marine Engineers, International Society of Offshore Mechanics and Polar Engineers, και American Society of Mechanical Engineers
- Αθανάσιο Φωκά, Ομότιμο Καθηγητή στο Τμήμα Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Θεωρητικής Φυσικής του Πανεπιστημίου Cambridge, Μέλος της Ακαδημίας Αθηνών και της Ευρωπαϊκής Ακαδημίας Επιστημών
Στην Επιτροπή Επιστημονικών Βραβείων συμμετέχει εκ μέρους του Ιδρύματος η Αθηνά Δεσύπρη, Πρόεδρος Δ.Σ. Ιδρύματος Μποδοσάκη, αναπληρούμενη από τον Θεόδωρο Θεοδώρου, Αντιπρόεδρο Ιδρύματος Μποδοσάκη, Καθηγητή στη Σχολή Χημικών Μηχανικών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου, Μέλος της Ακαδημίας Αθηνών και της National Academy of Engineering.